A fejlesztés 1994 és 1998 között zajlott, a 038T nevű projekt főmérnöke az a Katajama Nobuaki volt, aki korábban az AE86-os Toyota Corollán, a negyedik generációs Suprán és a Lexus SC-n dolgozott

Katajama tudta, hogy a remek kezelhetőség egyik kulcsa a merev karosszéria és a közel 50/50 százalékos súlyelosztás. Ezért a motor középpontját 5,5 centivel az első tengely mögött helyezték el, az akkumulátort áttették a motortér hátsó részébe, az üzemanyagtartályt pedig a hátsó ülések alá. Ennek eredményeként az 1380 kg tömegű IS 200-asnál sikerült a teljesen semleges elosztást elérni.

Kezdetben csak a kétliteres, selymesen járó, soros hathengeres, 155 lóerős szívó benzinmotorral volt kapható, amellyel 9,3 másodperc alatt gyorsult fel 0-100 km/h-ra, 0,6 másodperccel hamarabb, mint az E46-os BMW 320i.

Az IS másik különlegességének a műszerfal központi analóg órája számított, amelynek kialakítása a benne lévő három kisebb órával (vízhőmérséklet, feszültség és fogyasztás) és a díszes skálázással egy drága kronográf karórára emlékeztetett.

2001-ben bővült a motorkínálat a GS-ből ismert, 2JZ-GE kódú háromliteres, változó vezérlésű soros hathengeressel, amelyhez Európában ötfokozatú automata váltót társítottak (Amerikában volt hozzá manuális is). Az IS 300 maximális teljesítménye 214 lóerő, csúcsnyomatéka 295 Nm volt, a csúcsmodell megfutotta a 231 km/h-t, és 8,2 másodperc alatt gyorsult százra.

Szintén 2001-ben mutatkozott be a sportkombik és az ötajtós ferdehátúak közötti átmenetet jelentő IS SportCross karosszériaváltozat, amely praktikusabb kialakításával, jobb variálhatóságával jelentősen növelte az IS vonzerejét.

Az első generációs IS 2005-ig maradt gyártásban, és jelentős mérföldkövet jelentett a Lexus fejlődésében.

A második generációs GS elöl-hátul kettős keresztlengőkaros futóművét használták fel az IS-hez, pár apró módosítással. Az első felfüggesztés felső lengőkarjainak magasan elhelyezett rögzítési pontja segített csökkenteni a bólintási hajlamot fékezéskor, míg a hosszú tengelycsonk a negatív kerékdőléssel javította a kanyarstabilitást. Elsőként az IS-hez adtak a középkategóriában 17 colos felniket szériában, mégpedig alacsony oldalfalú, 215/45-ös sportgumikkal, ami szintén javította az útfekvést és a kormányozhatóságot.

A kis Lexust nemcsak a vezetési élmény különböztette meg a vetélytársaitól, hanem az átlátszó búrájú hátsó lámpája is, amely egy komplett divathullámot indított el a 90-es évek végén az optikai tuning világában, sőt, később az ezüstösen csillogó, valódi színüket csak világítás közben mutató hátsó lámpák kifejlesztését is inspirálta.