Protecta néven páncélozott változattal és két új motorral gazdagodik a Thesis kínálat. Az olasz luxuslimuzin ezenkívül megkapja az modellfrissítés utáni Alfa 156-ban is bevetett hengerenként négyszelepes turbódízelt és egy 3,2 literes V6-os szívómotort. Ez a motor az Alfa 156 GTA 250 lóerős motorjának csökkentett teljesítményű és sportosság helyett jobb nyomatékra hangolt változata. A 6200-as fordulaton jelentkező 230 lóerős teljesítmény és a 4800-nál elért 289 Nm-es nyomaték érezhetően magasabb az eddig csúcsmodellénél. Ezzel a motorral 240 km/óra a végsebesség és 8,8 másodpercig tart a nulláról százra gyorsulás, automata váltóval.

Az új dízel a Multijet családba tartozik, második generációs közös nyomócsöves befecskendezés látja el üzemanyaggal. Kezdetben ez a motor kizárólag ötfokozatú automatával lesz rendelhető, míg a hatfokozatú kézi sebességváltóval csak néhány hónappal később. A kézi váltót áttervezték, hogy könnyebben viselje a motor nyomatékát. A váltó most 400 Nm feletti nyomatékkal is könnyen megbirkózik. A dízelmotor maximális nyomatéka 380 Nm 2000-nél. Hatgangos manuális váltóval a Thesis 2.4 JTD 20v 9,8 másodperc alatt gyorsul nulláról százra, a legnagyobb sebessége 225 km/óra.

A Thesishez rendelhető szellőztethető és masszírozó funkcióval ellátott ülés, továbbá kulcs nélküli zárrendszer. Ezzel az extrával kiegészítve, a motor egy forgatókapcsolóval indítható be a slusszkulcs helyett. Új csúcsmodell jelenik meg a benzinesek között. A 3,2 literes hathengeres határozottabb nyomatékával jobban illik a testes Thesishez.

Protecta néven a Thesis páncélozott kivitelben is kapható. Kétféle védelmi fokozattal rendelhető meg a Thesis. Az egyik a B6-nak nevezett, a másik a B4-es fokozat, amely Kalasnyikov géppisztolyok ellen is kielégítő védelmet nyújt. Utóbbinak tankja átvészeli a robbantásokat, Michelin PAX rendszerű gumiabroncsai defektesen is használhatók.

A golyóálló acélból készült karosszéria mellett az alvázon aramidszálakból szőtt műanyag védelem is óvja az autót. Páncélozás veszi körül a motorvezérlő elektronikát. Az utastérből aktiválható tűzvédelmi rendszer a motorteret, a csomagtartót és a kerékjáratokat fenyegető lángok eloltására képes.

A Thesis Protecta fékjeit, kerékfelfüggesztését és a hajtásláncot is az autó óriási tömegéhez hangolták. A Protecta csak a háromezres, 215 lóerős V6-os benzinmotorral és automata váltóval rendelhető.