Új benzinmotor kerül a 2003-as modellévű Skoda Fabiákba. 2002 augusztusi gyártástól a korábbi 1,0 literes 50 lóerős és 1,4 literes 60 lóerős OHV (felül szelepelt, oldal vezérlet) motorokat új, 1,2 literes 54 lóerős benzinmotor váltja le. A 68 lóerős, de szintén OHV 1,4-es motor továbbra is gyártásban mard.

Az 1198 köbcentis háromhengeres könnyűfém motorblokkos és hengerfejes benzinmotor a Volkswagen konszerntől érkezik. Ez a motor hajtja az új VW Polót és a Seat Ibizát is, bár utóbbiba csak a 10 lóerővel erősebb, hengerenként négyszelepes változatát építik. Az 54 lóerős motorral a Skoda Fabia átlagfogyasztása 5,9 liter 100 kilométeren. A motor megfelel az EU 2005-ben életbe lépő EU4-es károsanyag-kibocsátási szabványának.

2002 augusztusától a Fabia extralistája is bővül. Az új Fabia utasoldali légzsákja a kesztyűtartóban található zárral kiiktatható. A 2003-as modellévű Fabiákhoz rendelhető lesz Xenon fényszóró, navigációs rendszer és tolató radar is.